Dozenten:	Prof. Daniel Huson, Tobias Klöpper und TBA
Kontakt und Anmeldung:	Tobias Klöpper
Umfang:	2 SWS
Bereiche:	Hauptstudium Bioinformatik (empf. Sem.: 7)
Prüfungsfächer:	nicht zutreffend
Termine:	Di, 08:30 - 10:00, Raum A 302, Sand 1

Beginn:	Di, 17. Oktober 2006
Vorbesprechung:	Di, 17. Oktober 2006, 8:30 Uhr, A302 Sand
Sprechstunde:	Mittwoch, 10:00 - 12:30, C313 Sand
Homepage:	http://www-ab.informatik.uni-tuebingen.de/teaching/ws06/phylo/welcome.html
Turnus:	unregelmäßig
Voraussetzungen:	Empfohlen für Studenten im 7. Semester, nach Rücksprache (Email) auch evtl. ab 5. Semester möglich


Beschreibung:
Phylogenetische Netzwerke sind eine natürliche Erweiterung der klassichen Phylogenetischen Bäume. Sie kommen zum Einsatz, wenn die zugrundeliegenden Daten keiner baumartigen Evolution zugeordnet werden können. Die häufigsten Anwendungsgebiete sind Evolutionsstudien unter dem Einfluss von Horizontalen Gen Transfer, Rekombination oder Hybridisation. Das Seminar beginnt mit einer Einführung in Phylogenetische Bäume. Die darauf folgenden Vorträge beschäftigen sich mit Phylogenetischen Netzwerken, welche aus Mengen von Splits erzeugt werden können. Die restlichen Vorträge beziehen sich auf die Klasse der Reticulate Networks, welche zur Zeit ein sehr aktives Forschungsfeld darstellen. Der abschliessende Vortrag wird eine Verbindung zwischen diesen beiden Arten von Netzwerken herstellen. Jeder Teilnehmer muss selbständig ein Thema bearbeiten, sich aktiv in das Seminar einbringen und eine ca. 15 seitige Ausarbeitung abgeben. Anmeldungen bitte per email an Tobias Klöpper.

Überblick über die Vorträge und Vortraghaltenden (dies ist eine vorläufige Übersicht)

No.	Speaker	Title	Advisor	Date
1	TBA	UPGMA, Neigbour Joining and their concepts	Tobias Klöpper	31.10.2006
2	TBA	NeighborNet: an agglomerative method for the construcction of planar phylogenetic networks	Tobias Klöpper	07.11.2006
3	TBA	Super- and Consensus Networks	Tobias Klöpper	14.11.2006
4	TBA	Reducing Distortion in Phylogenetic Networks	Tobias Klöpper	21.11.2006
5	TBA	A Linear-Time Algorithm for the Perfect Phylogeny Haplotyping (PPH) Problem	Tobias Klöpper	28.11.2006
6	TBA	Algorithms for Imperfect Phylogeny Haplotyping (IPPH) with a Single Homoplasy or Recombination Event	Tobias Klöpper	05.12.2006
7	TBA	The Number of Recombination Events in a Sample History: Conflict Graph and Lower bounds	Tobias Klöpper	12.12.2006
8	TBA	Minimum Recombination Histories by Branch and Bound	Tobias Klöpper	19.12.2006
9	TBA	Reconstructing Minimal Ancestral Recombination Graphs	Tobias Klöpper	09.01.2007
10	TBA	Hybrids in Real Time	Tobias Klöpper	16.01.2007
11	TBA	Maximum Likelihood of phylogenetic Networks	Tobias Klöpper	23.01.2007
12	TBA	A fundamental Decomposition Theorey for Phylogenetic Networks and Incompatible Characters	Tobias Klöpper	30.01.2006
13	TBA	Reconstruction of Reticulate Networks from Gene Trees	Tobias Klöpper	06.02.2007
14	Tobias Kloepper	Concluding discussion and handing out of certificates.	Daniel Huson	30.01.2006