Proseminar Einführung in die Bioinformatik

Arbeitsbereich:

Grundstudium

Dozenten:

Prof. Dr. Daniel Huson, Christian Rausch

Sprechstunde:

n.V.

Zeit:

Di 9 :00-10:00

Umfang:

2 SWS

Beginn:

14.10.2003

Vorbesprechung:

14.10.2003, 9:00h

Ort:

Sand 1, A301

Turnus:

unregelmäßig

Prüfungsfach:

Vordiplom: Praktische Informatik, Theoretische Informatik, Bioinformatik

Home page:

http://www-ab.informatik.uni-tuebingen.de/teaching/ws03/welcome.html

Beschreibung:

In diesem Seminar werden einige grundlegene Algorithmen der Bioinformatik behandelt. Geplante Themen sind: grundlegende Konzepte der Molekularbiologie, Paarweises Sequenz-Alignment, BLAST und FASTA, Multiples Sequenz-Alignment, Phylogenetische Baumrekonstruktionsverfahren I, Phylogenetische Baumrekonstruktionsverfahren II, Computerbasierte Genvorhersagen, Genome Rearrangements, Physical Mapping, Fragment Assembly, DNA-Chips, DNA-Computing.

Voraussetzungen:

keine

Literatur:

wird im Proseminar nach individueller Absprache mit den Betreuern ausgegeben.

Anmeldung:

erfolgt durch Eintragung in die Liste, die rechts neben Raum 324b (2.Stock) in Sand 14 aushängt.

Scheinkriterien:

Siehe hier.

Nr.

Vorname

Name

Betreuer

Vortragstitel

Quellen

Seiten

Datum

1

Christian

Rausch

-

Grundlegende Konzepte
der Molekularbiologie

2) und andere

1-31

28.10.

2

Rene

Worzischek

Olaf Delgado

Paarweises Sequenz-
Alignment

1)

12-45

04.11.

3

Rene

Worzischek

Olaf Delgado

Multiples Sequenz-
Alignment

2) und 3)

69-80,

ab 140

11.11.

4

Olaf

Delgado

-

BLAST und FASTA

3), 11) und andere

281-335

18.11.

5

Mirco

Zachmann

Christian Rausch

Phylogenetische Baum-rekonstruktionsverfahren I

2)

175-192

25.11.

6

Mirco

Zachmann

Christian Rausch

Phylogenetische Baum-rekonstruktionsverfahren II

2)

192-209

02.12.

7

Tobias

Beck

Olaf Delgado

Genome Rearrangements

2)
4)

215-244,
135-151

09.12.

8

Tobias

Beck

Olaf Delgado

V orschau:
Computerbasierte
Genvorhersagen

10)

153-173

16.12.

9

Dominik

Welsch

Christian Rausch

Physical Mapping

2)

143-171

13.01.

11

Josia

Assmies

Christian Rausch

DNA-Chips

8) & 9)

20.01.

12

Josia

Assmies

Christian Rausch

RNA Sekundärstruktur Vorhersage

3)
4)

206-234,

365-398

27.01.

13

Tobias

Beck

Olaf Delgado

Computerbasierte
Genvorhersagen

10)

153-173

03.02.

14

Dominik

Welsch

Olaf Delgado

Fragment Assembly

2)

105-143

10.02.

Literatur:

1)  R. Durbin. Biological sequence analysis. Cambridge University Press, 1998.

2)  J. Setubal and J. Meidanis. Introduction to Computational Molecular Biology. PWS, 1997. Sowie eigene Literaturrecherche in Lehrbüchern der Molekularbiologie.

3)  D. W. Mount. Bioinformatics, Sequence and Genome Analysis. Cold Spring Harbor Laboratory Press, 2001.

4)  T. Jiang, Y. Xu, M. Q. Zhang. Current Topic in Computational Molecular Biology. MIT Press, 2002.

5)  D. Endy & R. Brent. Modelling cellular behaviour. Nature, Vol. 409, 2001.

6)  G. Paun, G. Rozenberg, A. Salomaa. DNA computing : new computing paradigms. Springer, 1998.

7)  H. Kitano. Foundations of Systems Biology. MIT Press, 2001.

8)  K. Nieselt-Struwe. Microarry Data Analysis and Visualisation, Handouts der Bioinformatik Sommerschule 2002, 2002.

9)  D. J. Lockhart & E. A. Winzeler. Genomics, gene expression and DNA arrays. Nature, Vol. 405, 2000.

10) P. A. Pevzner. Computational Molcular Biology. MIT press, 2000.

11) http://www.isrec.isb-sib.ch/DEA/module5/T3/blast_fasta_uk.pdf, http://searchlauncher.bcm.tmc.edu/help/BLASToutput.html, http://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/