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Proseminar: "Einführung in die Bioinformatik", WS2002 / 2003
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| Arbeitsbereich: |
Grundstudium |
| Dozenten: |
Prof. Dr. Daniel Huson und Christian Rausch |
| Sprechstunde: |
Daniel Huson, Mo 16-18 Uhr, Sand 14, C310a.
Christian Rausch, Mi 16-18 Uhr, Sand 14, C324b, sowie nach Vereinbarung; |
E-Mail-Kontakt:
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huson@informatik.uni-tuebingen.de
rausch@informatik.uni-tuebingen.de |
| Zeit: |
Di 9 :00-10:00 |
| Umfang: |
2 |
| Beginn: |
Di., 15. Okt. 2001, 9h s.t. |
| Vorbesprechung: |
Di., 15. Okt. 2001, 9h s.t. |
| Ort: |
Sand 1, A301 |
| Prüfungsfach: |
Vordiplom |
| Homepage: |
http://www-ab.informatik.uni-tuebingen.de/teaching/ws02/ebi/welcome.html |
Aktuell:
Wir möchten die E-Mail-Adressen aller Teilnehmer sammeln, um über
evtl. Programmänderungen informieren zu können.
Dazu sollte bitte jeder Vortragende eine E-Mail an rausch@informatik.uni-tuebingen.de
schreiben mit seinem Vor- und Zunamen, als Subject: ProseminarWS02.
Vielen Dank
Beschreibung:
In diesem Seminar werden Grundlagen derBioinformatik behandelt.
Die Studierenden sollen selbständig mit Hilfe der
bereitgestellten Literatur einen ca. 35 min. Vortrag zu einem der genannten
Themen ausarbeiten und vortragen.
Bei Problemen während der Vorbereitung soll sich der Studierende mit
seinem Betreuer besprechen. Eine Woche vor dem Vortrag soll der Vortragende
seinem Betreuer eine ca. 10 seitige Ausarbeitung vorlegen, in der das Thema
logisch, didaktisch durchdacht und gegliedert beschrieben und diskutiert
wird. Bei diesem Treffen soll auch das ebenso ausgereifte Konzept für
Vortrag und Folien vorgestellt werden.
Strukturierung von Ausarbeitung, Folien und Vortrag
Deutsch und Englisch sind gleichberechtigte Sprachen
für die Ausarbeitungen und Vorträge.
Die Ausarbeitung soll sich an den Vorlagen orientieren,
die auf der Website der Arbeitsgruppe von Prof. Zell zu finden sind:
Siehe Dokumente: Stilvorlage.doc, Stielvorlage.pdf, vorlage.ps auf http://www-ra.informatik.uni-tuebingen.de/lehre/vorlage/
Weiterhin sollte auf der ersten Seite neben dem Namen des Vortragenden auch
dessen E-Mail-Adresse zu finden sein.
Die erste Folie soll ebenfalls Titel des Proseminars und Vortrags,
Namen des Vortragenden und Betreuers sowie das Datum enthalten.
Zitierweise
Werden Formulierungen und ganze Sätze aus anderen Quellen wortwörtlich
übernommen, so müssen diese als Zitat mit Quellenangabe gekennzeichnet
sein, dies gilt auch für Quellen aus dem WWW, in diesem Fall ist die
exakte URL mit Autor des Textes zu zitieren.
Bewertung
Die inhaltliche und rhetorische Qualität des Vortrags und die inhaltliche
und sprachliche Qualität der Ausarbeitung werden durch die Betreuer
bewertet und die Gesamtleistung benotet.
Zentrale Anmerkung:
Die Vorbereitung wird zwar mit einiger Arbeit verbunden sein, wir hoffen
aber, dass Euch die Arbeit an Eurem Thema dennoch Spaß macht!
Christian Rausch und Daniel Huson.
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Themen der Vorträge
Datum
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Thema
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Literatur
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Vortragender
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Betreuer
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15.10.2002
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Vorbesprechung
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22.10.2002
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frei (Vorbereitung)
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29.10.2002
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Basic Concepts of Molecular Biology |
u.a. 2)
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Christian Rausch und
Daniel Huson |
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05.11.2002
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Pairwise Alignment
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1)
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Mathias Ganter
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C. Rausch |
12.11.2002
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Database Searching for Similar Sequences
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3)
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Christoph Wilke
|
C. Rausch |
19.11.2002
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Multiple Sequence Alignment
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3)
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Elnaz Eghbali Afshar
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C. Rausch |
26.11.2002
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Gene Prediction
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3)
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Claas aufm Kampe
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C. Rausch |
03.12.2002
|
frei
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10.12.2002
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Genome Rearrangements
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4) & 2)
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Nadja Betzler
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D. Huson |
17.12.2002
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Prediction of RNA Secondary Structure
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3)
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Julia Veit
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D. Huson |
07.01.2003
|
Properties and Prediction of Protein Secondary Structure
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4)
|
Magdalena Feldhahn
|
D. Huson |
14.01.2003
|
Prediction of Gene Networks and Cellular Processes
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4) & 5)
|
Philipp Senger
|
D. Huson |
21.01.2003
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Data Mining: Discovering Information from Bio-Data
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4)
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Dorothea Emig
|
D. Huson |
28.01.2003
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DNA Chips
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8) & 9)
|
Ulrike Scharfenberger
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C. Rausch |
04.02.2003
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DNA Computing
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2) & 6)
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Sascha Rehm
|
C. Rausch |
11.02.2003
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Fragment Assembly of DNA
Anschließend Nachbesprechung und Scheinausgabe
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2)
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Verena Schattel
|
D. Huson
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Literatur:
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| 1) R. Durbin. Biological sequence analysis.
Cambridge University Press, 1998. |
| 2) J. Setubal and J. Meidanis. Introduction
to Computational Molecular Biology. PWS, 1997. Sowie eigene Literaturrecherche
in Lehrbüchern der Molekularbiologie. |
| 3) D. W. Mount. Bioinformatics, Sequence and
Genome Analysis. Cold Spring Harbor Laboratory Press, 2001. |
4) T. Jiang, Y. Xu, M. Q. Zhang. Current Topic
in Computational Molecular Biology. MIT Press, 2002.
|
5) D. Endy & R. Brent. Modelling cellular
behaviour. Nature, Vol. 409, 2001.
|
| 6) G. Paun, G. Rozenberg, A. Salomaa. DNA
computing : new computing paradigms. Springer, 1998. |
7) H. Kitano. Foundations of Systems Biology.
MIT Press, 2001.
|
8) K. Nieselt-Struwe. Microarry Data Analysis
and Visualisation, Handouts der Bioinformatik Sommerschule 2002, 2002.
|
9) D. J. Lockhart & E. A. Winzeler. Genomics,
gene expression and DNA arrays. Nature, Vol. 405, 2000.
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Teaching