Vorlesung:
Algorithmen der Bioinformatik I
| Dozent |
Prof. Dr. Daniel Huson |
| Sprechstunde |
Montags, 16-18h, Raum C310a, Sand 14 |
| Zeit |
Vorlesung: Mo 10-12 Uhr, Mi 11-13 Uhr
Übungen: Übungsgruppe 1: Mittwochs, 15-17h
Übungsgruppe 2: Mittwochs,
15-17h
Übungsgruppe 3: Donnerstags, 14-16h |
| Umfang |
4 SWS Vorlesung+2 SWS Übungen |
| Beginn |
14. Oktober 2002 |
| Ort |
Vorlesung: Sand 1, Raum A301
Übungsgruppe 1: Sand 14, C118a (im E.G.)
Übungsgruppe 2: Sand 1, A104 (im E.G.)
Übungsgruppe 3: Sand 1, A302
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| Turnus |
jährlich im WS |
| Prüfungsfach |
Praktische Informatik und Bioinformatik |
Contents:
0. Introduction
1. Probablistic models
2. Pairwise sequence alignment
3. Multiple sequence alignment
4. RNA secondary structure
5. Phylogenetic trees
6. Phylogenetic networks
7. Protein secondary structure
8. Protein tertiary structure
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Exercises:
Aufgabenblatt 1
Program1
Aufgabenblatt2
Program2
Aufgabenblatt3
Program4
Aufgabenblatt4
Aufgabenblatt5
Program6
Aufgabenblatt6 Program8
Aufgabenblatt7 Program9
Aufgabenblatt8
Program10
Aufgabenblatt9 Program11
Aufgabenblatt10
Program12
Aufgabenblatt11
Aufgabenblatt12
Aufgabenblatt13
Aufgabenblatt14 Material
Aufgabenblatt15
References:
R. Durbin, S. Eddy, A. Krogh und G. Mitchison, Biological Sequence
Analysis, Cambridge, 1998
J. Setubal and J. Meidanis. Introduction to Computational Molecular
Biology. PWS, 1997.
Dan Gusfield, Algorithms on Strings, Trees, and Sequences:
Computer Science and Computational Biology, Cambridge 1997
Pavel Penzer, Computational molecular biology -an algorithmic
approach, MIT Press, 2000.
Knut Reinert, A Polyhedral Approach
to
Sequence Alignments, Dissertation, Saarbruecken, 1999.
Weitere Literaturangaben befinden sich in dem Skript.
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