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Algorithms in Bioinformatics I
Vorlesung: Algorithmen der Bioinformatik I
| Dozent | Prof. Dr. Daniel Huson |
| Sprechstunde | Montags, 16-18h, Raum C310a, Sand 14 |
| Zeit | Vorlesung: Mo 10-12 Uhr, Mi 11-13 Uhr Übungen: Übungsgruppe 1: Mittwochs, 15-17h Übungsgruppe 2: Mittwochs, 15-17h Übungsgruppe 3: Donnerstags, 14-16h |
| Umfang | 4 SWS Vorlesung+2 SWS Übungen |
| Beginn | 14. Oktober 2002 |
| Ort | Vorlesung: Sand 1, Raum A301 Übungsgruppe 1: Sand 14, C118a (im E.G.) Übungsgruppe 2: Sand 1, A104 (im E.G.) Übungsgruppe 3: Sand 1, A302 |
| Turnus | jährlich im WS |
| Prüfungsfach | Praktische Informatik und Bioinformatik |
Contents:
0. Introduction
1. Probablistic models
2. Pairwise sequence alignment
3. Multiple sequence alignment
4. RNA secondary structure
5. Phylogenetic trees
6. Phylogenetic networks
7. Protein secondary structure
8. Protein tertiary structure
Download the script here.
Exercises:
References:
R. Durbin, S. Eddy, A. Krogh und G. Mitchison, Biological Sequence Analysis, Cambridge, 1998
J. Setubal and J. Meidanis. Introduction to Computational Molecular Biology. PWS, 1997.
Dan Gusfield, Algorithms on Strings, Trees, and Sequences: Computer Science and Computational Biology, Cambridge 1997
Pavel Penzer, Computational molecular biology -an algorithmic
approach, MIT Press, 2000.
Knut Reinert, A Polyhedral Approach
to
Sequence Alignments, Dissertation, Saarbruecken, 1999.
Weitere Literaturangaben befinden sich in dem Skript.
