Grundlagen der Bioinformatik

Vorlesung Grundlagen der Bioinformatik

Dozent	Prof. Daniel Huson
Übungen	Prof. Daniel Huson, Juliane Damaris Klein, Robert Krug, Martin Riedel
Termin	20.04. - 25.07.2009
Vorlesungen	Montags16(ct)-18h, Donnerstags 15(ct)-17h im Raum A 301, Sand 1
Übungsgruppen	Mittwochs 10(ct)-12h, A104, Sand1 und Donnerstags 17(st)-18:45, A301, Sand 1
Modulzugehörigkeit	BSc Bioinformatik, Grundlagen der Bioinformatik

Literatur:

Es gibt ein Skript zu der Vorlesung. Darin werden weitere Literaturhinweise gegeben.

Prüfungsmodalitäten:

Diese Veranstaltung hat einen Leistungsumfang von 8 LP, Sie müssen also ca 8x30=240 Stunden Arbeitsaufwand einplanen. Teilnahme an den Übungen ist Pflicht.

Übungsaufgaben können in Gruppen von bis zu zwei Personen bearbeitet und abgegeben werden. Die Anzahl der erreichten Punkte und die Mitarbeit in den Tutorien werden benotet.

Diese Note macht 1/3 der Abschlussnote aus.

Es gibt zwei Klausuren, die in der Mitte und am Ende der Vorlesung geschrieben werden. Diese machen jeweils 1/3 der Endnote aus.

Inhalt und Skript

In der Vorlesung "Grundlagen der Bioinformatik" werden wichtige Grundprobleme der Bioinformatik vorgestellt.

1. General introduction (inkl. Festlegung und Einteilung der Übungen)	20. April, 2009
2. Pairwise alignment	23. April, 2009
Pairwise alignment, Fortsetzung	27. April, 2009
3. BLAST and FASTA	30. April, 2009
4. Multiple sequence alignment	4. Mai, 2009
Multiple sequence alignment, Fortsetzung	7. Mai, 2009
5. Phylogeny	11. Mai, 2009
Phylogeny, Forstsetzung	14. Mai, 2009
Phylogeny, Forstsetzung	18. Mai, 2009
frei	21. Mai, 2009
6. Machine learning: SVMs	25. Mai, 2009
7. Machine learning: HMMs	28. Mai, 2009 -
frei	1. Juni, 2009
frei	4. Juni, 2009
Machine learning: HMMs, Fortsetzung	8. Juni, 2009
frei	11. Juni, 2009
Klausur I (über Kapitel 2-7)	15. Juni, 2009
8. Protein secondary structure	18. Juni, 2009
Protein secondary structure, Fortsetzung	22. Juni, 2009
9. Protein tertiary structure	25. Juni, 2009
10. Microarrays	29. Juni, 2009 -
Protein tertiary structure, Fortsetzung	2. Juli, 2009 -
Fällt aus wegen Institutsveranstaltung	6. Juli, 2009
11. RNA secondary structure	9. Juli, 2009 -
12. Gene finding 15:15-16:00	13. Juli, 2009
13. Sequencing 16:15-18:00	13. Juli, 2009
14. Metagenomics	16. Juli, 2009
Klausurvorbereitung	20. Juli, 2009
Klausur II (über Kapitel 8-14)	FREITAG, 24. Juli 2009, 14-16h kleiner HS, Sand6/7

Das Skript wurde von Daniel Huson erstellt, mit einigen Ergänzungen von Kay Nieselt. Es basiert zum Teil auf dem Skript der alten Diplomvorlesung "Algorithmen der Bioinformatik", die 2002-2007 in Tübingen gelesen wurde.