Seminar zum Programmierprojekt

Zeit

jeweils Dienstags, 13-15Uhr

Ort

Projektbeschreibung

Neue Technologien der DNA-Sequenzierung ermöglichen eine beschleunigte und effektivere Generierung von Sequenzdaten eines Organismus. Häufig ermöglicht erst die Visualisierung dieser großen Menge an Daten eine umfassende Analyse. In Laufe dieses Projekts soll ein intuitives Visualisierungstool für sequenzierte Fragmente erstellt werden, welche anhand von Sequenzähnlichkeit auf einem Referenzgenom platziert werden. Verwendung findet diese Software zum Beispiel in Resequencing- und Simulationsprojekten.

Ziele

• Implementierung von robusten Import-Funktionen
• Entwurf einer benutzerfreundlichen Oberfläche (Zielgruppe Biologen)
• Konzeption einer intuitiven und interaktiven Visualisierung der genomischen Daten

Inhalte

• GUI-Planung und -programmierung (Java, Swing)
• Entwurf einer aussagekräftigen Visualisierung zur Vereinfachung von bioinformatischen/biologischen Analysen
• Analysefunktion zur Detektion von Single Nucleotide Polymorphisms (SNPs)

Technische Grundlagen

• Java 1.6
• GUI-Design/-Interaktion mit Swing
• Eclipse 3.3

Download SNiPr

• Windows: SNiPr_1_0.exe
• Unix/linux: SNiPr_1_0.sh
• MacOSX: SNiPr_1_0.dmg