Dozent	Prof. Daniel Huson
Übungen	Prof. Daniel Huson und Juliane Damaris Klein
Termin	14.04.2008 bis 18.07.2008
Vorlesungen	Mo 16-18h, Do 15-17h, Sand, Raum A301
Übungsgruppen	Mo 10-12h, Sand 6/7, F118, Robert Krug Do 13-15h, Morgenstelle, S6 (Gebäude C, 5.Ebene), Verena Schattel
Modulzugehörigkeit	BSc Bioinformatik, Grundlagen der Bioinformatik

Literatur: Es gibt ein Skript zu der Vorlesung. Darin werden weitere Literaturhinweise gegeben.

Prüfungsmodalitäten: Diese Veranstaltung hat einen Leistungsumfang von 8 LP, Sie müssen also ca 8x30=240 Stunden Arbeitsaufwand einplanen. Teilnahme an den Übungen ist Pflicht. Übungsaufgaben können in Gruppen von bis zu zwei Personen bearbeitet und abgegeben werden. Die Anzahl der erreichten Punkte und die Mitarbeit in den Tutorien werden
benotet. Diese Note macht 1/3 der Abschlussnote aus. Es gibt zwei Klausuren, die in der Mitte und am Ende der Vorlesung
geschrieben werden. Diese machen jeweils 1/3 der Endnote aus.

Inhalt und Skript

In der Vorlesung "Grundlagen der Bioinformatik" werden einige wichtige Problemstellungen der Bioinformatik erarbeitet. Hier stehen die Probleme und grundlegende Algorithmen, aber nicht so sehr algorithmische Details, im Vordergrund.

1. General introduction, 2. Introduction to Molecular Biology	14. April 2008
3. Algorithms, 4. Pairwise alignment	17. April 2008
Pairwise alignment, Fortsetzung	21. April 2008
Pairwise alignment, Fortsetzung	24 April 2008
5. BLAST	28 April 2008 -
frei	1. Mai 2008
6. Multiple alignment	5. Mai 2008
Multiple alignment, Fortsetzung	8. Mai 2008
frei	12. Mai 2008
frei	15. Mai 2008
7. Phylogeny	19. Mai 2008 -
frei	22. Mai 2008
Phylogeny, Fortsetzung	26. Mai 2008
Phylogeny, Fortsetzung	29. Mai 2008
Klausur I	2. Juni 2008
8. Hidden Markov Models	5. Juni 2008
Hidden Markov Models, Fortsetzung	9. Juni 2008
9. Gene finding	12. Juni 2008 -
Gene finding, Fortsetzung	16. Juni 2008
10. RNA secondary structure	19. Juni 2008
RNA secondary structure, Fortsetzung	23. Juni 2008
11. Protein secondary structure	26. Juni 2008
Protein secondary structure, Fortsetzung	30. Juni 2008
12. Protein tertiary structure	3. Juli 2008
Protein tertiary structure, Fortsetzung	7. Juli 2008
13. Micro arrays	10. Juli 2008
Micro arrays, Fortsetzung Um 16:15: Einführung in das 3. Studienjahr BSc Bioinformatik	14. Juli 2008
frei	-
Klausur II (15-17h, Sand, Raum A301) Themen: Kapitel 8-13 (bis einschliesslich Clustering)	24. Juli 2008

Das Skript wurde von Daniel Huson erstellt, mit einigen Beiträgen von Kay Nieselt. Es basiert zum Teil auf dem Skript der alten Diplomvorlesung "Algorithmen der Bioinformatik", die 2002-2007 in Tuebingen gelesen wurde.

Übungsblätter

Aufgabenblatt 1
Aufgabenblatt 2 , java-files , test-files
Aufgabenblatt 3
Aufgabenblatt 4 , java-files , test-files
Aufgabenblatt 5
Aufgabenblatt 6 , files
Aufgabenblatt 7, (Übungsklausur, Punktzahl wird durch 6 geteilt)
Aufgabenblatt 8
Aufgabenblatt 9 , files
Aufgabenblatt 10
Aufgabenblatt 11 , java-files , test-files
Aufgabenblatt 12