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- Info
Seminar zum Programmierprojekt
Seminar zum Programmierprojekt
Betreuer: Alexander Auch und Daniel Richter
Erstes Treffen: Dienstag 24.4.2007, 13Uhr
ct, Seminarraum A302
- Entwickelt werden soll ein Genom-Visualisierungswerkzeug
für Biologen, welches bereits annotierte, bakterielle
Genomsequenzen übersichtlich und interaktiv darstellen kann. Die
verwendete Programmiersprache ist Java.
- Das Genom soll zirkulär und linear dargestellt werden
können.
- Regionen sollen in verschiedenen Farben
eingefärbt werden können, also z.B. tRNAs gelb und ORFs rot,
usw., oder ausgeblendet werden können (selektive Auswahl).
- Für auszuwählende Regionen oder alternativ
für das komplette Genom sollen verschiedene Statistiken
berechnet und angezeigt/visualisiert werden können:
GC-Gehalt, GC3 (GC Frame Plot), GC-Skew, Codon-Usage, ...
- Verschiedene Regionen des Genoms sollen
auswählbar und in Files exportierbar sein (Fasta-Format).
- Wenn ein Eintrag selektiert wird, sollen die darauf
bezogenen Informationen aus dem Genbank-File (siehe Feature Table) im
Programm übersichtlich dargestellt werden.
- Ist die Möglichkeit einer Verlinkung vorhanden
(z.B. refseq-Entries, etc.), soll beim Klicken auf den Eintrag in der
GenBank-Datei
bzw. in der zirkulären Darstellung ein Browser-Fenster
geöffnet werden.
- Eine benutzerfreundliche Anleitung/Online-Hilfe
soll erstellt werden.
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