Seminar zum Programmierprojekt

Erstes Treffen: Dienstag 24.4.2007, 13Uhr ct, Seminarraum A302

Assembla-Space des Projekts

• Entwickelt werden soll ein Genom-Visualisierungswerkzeug für Biologen, welches bereits annotierte, bakterielle Genomsequenzen übersichtlich und interaktiv darstellen kann. Die verwendete Programmiersprache ist Java.
  

• Als Eingabe soll ein Genom im Genbank-Format dienen, welches graphisch dargestellt werden soll. Zum Genbank-Format siehe z.B. den Eintrag für Nanoarchaeum equitans oder hier (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Sitemap/samplerecord.html)

• Das Genom soll zirkulär und linear dargestellt werden können.

• Regionen sollen in verschiedenen Farben eingefärbt werden können, also z.B. tRNAs gelb und ORFs rot, usw., oder ausgeblendet werden können (selektive Auswahl).

• Für auszuwählende Regionen oder alternativ für das komplette Genom sollen verschiedene Statistiken berechnet und angezeigt/visualisiert werden können: GC-Gehalt, GC3 (GC Frame Plot), GC-Skew, Codon-Usage, ...

• Verschiedene Regionen des Genoms sollen auswählbar und in Files exportierbar sein (Fasta-Format).

• Wenn ein Eintrag selektiert wird, sollen die darauf bezogenen Informationen aus dem Genbank-File (siehe Feature Table) im Programm übersichtlich dargestellt werden.

• Ist die Möglichkeit einer Verlinkung vorhanden (z.B. refseq-Entries, etc.), soll beim Klicken auf den Eintrag in der GenBank-Datei bzw. in der zirkulären Darstellung ein Browser-Fenster geöffnet werden.

• Jeder View oder visualisierter Bereich sollen als Image exportierbar sein (http://xmlgraphics.apache.org/batik/).

• Eine benutzerfreundliche Anleitung/Online-Hilfe soll erstellt werden.

• Das Programm sollte ein eigenes Icon besitzen und als Java Programm für die Betriebssysteme MacOSX & Linux & Win mittels eines Installers installierbar sein. (Install4J: http://www.ej-technologies.com/products/install4j/overview.html).