Algorithms in Bioinformatics
Teaching Summer Semester 2007 Seminar zum Programmierprojekt
 
Welcome
People
Research
Publications
Software
Talks
Teaching
  Winter Semester 2008/09
  Summer Semester 2008
  Winter Semester 2007/08
  Summer Semester 2007
  Algorithms in Bioinformatics
  Software Engineering
  Seminar zum Programmierprojekt
  Seminar Genomics and Metagenomics
  Bioinformatics Tools
  AG Phylogeny
  Winter Semester 2006/07
  Summer Semester 2006
  Winter Semester 2005/06
  Summer Semester 2005
  Winter Semester 2004/05
  Summer Semester 2004
  Winter Semester 2003/04
  Summer Semester 2003
  Winter Semester 2002/03
  Summer Semester 2002
Bachelor Thesis/ Student Projects
Master Thesis/ Diploma Projects
Studienkommission
Contents
Search
Address
ZBIT
CS Dept.
University
 

Seminar zum Programmierprojekt

Betreuer: Alexander Auch und Daniel Richter

Erstes Treffen: Dienstag 24.4.2007, 13Uhr ct, Seminarraum A302

Assembla-Space des Projekts

  • Entwickelt werden soll ein Genom-Visualisierungswerkzeug für Biologen, welches bereits annotierte, bakterielle Genomsequenzen übersichtlich und interaktiv darstellen kann. Die verwendete Programmiersprache ist Java.
  • Das Genom soll zirkulär und linear dargestellt werden können.
  • Regionen sollen in verschiedenen Farben eingefärbt werden können, also z.B. tRNAs gelb und ORFs rot, usw., oder ausgeblendet werden können (selektive Auswahl).
  • Für auszuwählende Regionen oder alternativ für das komplette Genom sollen verschiedene Statistiken berechnet und angezeigt/visualisiert werden können: GC-Gehalt, GC3 (GC Frame Plot), GC-Skew, Codon-Usage, ...
  • Verschiedene Regionen des Genoms sollen auswählbar und in Files exportierbar sein (Fasta-Format).
  • Wenn ein Eintrag selektiert wird, sollen die darauf bezogenen Informationen aus dem Genbank-File (siehe Feature Table) im Programm übersichtlich dargestellt werden.
  • Ist die Möglichkeit einer Verlinkung vorhanden (z.B. refseq-Entries, etc.), soll beim Klicken auf den Eintrag in der GenBank-Datei bzw. in der zirkulären Darstellung ein Browser-Fenster geöffnet werden.
  • Eine benutzerfreundliche Anleitung/Online-Hilfe soll erstellt werden.

University of Tübingen