Algorithms in Bioinformatics
Teaching Summer Semester 2003 Pro-seminar Bioinformatics and Databases
 
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Proseminar: Bioinformatik-Datenbanken, SS03


Dozent(en): Daniel Huson und Tobias Dezulian

Zeit: Dienstags, 9.00 - 10.00h Umfang 2 SWS Beginn 29.4.03

Ort: A301


Ziele

Ein Proseminar soll die Fähigkeit vermitteln,

  • sich anhand wissenschaftlicher Fachliteratur ein aktuelles Thema unter Anleitung anzueignen

  • eine Zusammenfassung des Themas/Materials zu erstellen und in einem mündlichen Vortrag
    zu präsentieren und

  • eine eigene Auffassung in einer Diskussion zu vertreten


Kommunikation

Bitte vor der zweiten Sitzung eine Mail an dezulian@informatik.uni-tuebingen.de mit

  • Subject: „prosem bioinfodb03 NACHNAME“

  • Inhalt: Name, Semesterzahl, Matrikelnummer

Die Absenderadresse wird zur Kommunikation bei Absprachen, Terminverschiebungen etc verwendet werden.


Ablauf

Die Themenvergabe erfolgt während der Vorbesprechung, dem ersten Termin.

Dann bestehen die Sitzungen aus jeweils einem Vortrag mit anschliessender Diskussion.

Beim letzten Termin wird eine Nachbesprechung erfolgen.


Strukturierung von Ausarbeitung, Folien und Vortrag

Deutsch und Englisch sind gleichberechtigte Sprachen für Ausarbeitung und Vorträge.


Die Ausarbeitung soll sich an den Vorlagen orientieren, die auf der Website der Arbeitsgruppe von Prof. Zell zu finden sind und ca. 10 Seiten umfassen.

Siehe Dokumente: Stilvorlage.doc, Stilvorlage.pdf, vorlage.ps

http://www-ra.informatik.uni-tuebingen.de/lehre/vorlage/


Der Vortrag soll ca. 35min dauern. Die Vortragstechnik kann frei gewählt werden, nur das Ablesen ist unzureichend. Es steht dem Vortragenden ein Laptop mit Powerpoint zur Verfügung. Softwarekompatibilitäten (Version etc) sind am besten eine Woche vorher zu testen. Nach vorheriger Absprache kann der Vortrag eine online-Komponente beinhalten.


Zitierweise

Werden Formulierungen und ganze Sätze aus anderen Quellen wortwörtlich übernommen, so müssen diese als Zitat mit Quellenangabe gekennzeichnet sein. Dies gilt auch für Quellen aus dem WWW – in diesem Fall ist die exakte URL mit Autor des Textes zu zitieren.


Scheinerwerb

Die inhaltliche und rhetorische Qualität des Vortrags und die inhaltliche und sprachliche Qualität der Ausarbeitung werden bewertet und die Gesamtleistung benotet.

Voraussetzung zum Scheinerwerb:

rechtzeitiges Kontaktieren des Betreuers (2-3 Wochen vor dem Vortrag)

Fertigstellen der Folien und der Ausarbeitung spätestens 1 Woche vor dem Vortrag

Anwesenheit (max. 2 Termine dürfen versäumt werden)



Die Vorbereitung wird zwar mit Arbeit verbunden sein, aber hoffentlich findet Ihr Interesse am Thema, am Vortragen und letztlich Spass an der Veranstaltung !!



Tobias Dezulian und Daniel Huson





Themenliste


 

Datum

Thema

Betreuung

Referent(in)

 

29.04.2003

Vorbesprechung

Huson, Dezulian

 

1

06.05.2003
9:00-9:50

Überblick allgemeiner
Datenbankkonzepte

Dezulian

Carsten Henneges

2

13.05.2003

XML-Einführung
und XSL

Huson

Carl Kliefert

3

20.05.2003

Übersicht
aktueller Bioinformatik-Datenbanken

Dezulian

Cornelius Raths

4

27.05.2003

Konzept und Inhalt der
GenBank/Embl/DDBJ-Datenbank

Dezulian

Alexander Kullig

5

03.06.2003

Konzept und Inhalt
von SwissProt

Dezulian

Sebastian Topuz

 

10.06.2003

[vorlesungsfrei:
"Dienstag nach Pfingsten"]

 

 

6

17.06.2003
Doppel-
termin:
8:00-10:00

Thema 6a: Gen Ontologie
Thema 6b: BLAST

Huson

6a: Michael Betz
6b: Christian Mayer

7

24.06.2003

Proteinstruktur-
datenbanken

Huson

Markus Zimmermann

8

01.07.2003

Expressions-
datenbanken


Dezulian

Michael Schneider


9

08.07.2003

Pfam
und PIR


Dezulian

Axel Schüssler


10

15.07.2003

Genomdatenbanken

Huson

Ulrike Schöck


11

22.07.2003

Konzepte und Inhalte
von RNA-Datenbanken
& Nachbesprechung

Dezulian,
Huson

Thomas Löffler




University of Tübingen