Tübingen University: Algorithms in Bioinformatics: Praktikum Advanced Sequence Analysis

Arbeitsbereich:	Bioinformatik
Dozent(en):	Prof. Dr. D. Huson, Dr. Kay Nieselt Struwe, Christian Rausch und Stephan Steigele
Sprechstunde:
Zeit:	montags 13-17h im Poolraum Sand 6/7
Umfang:	4
Beginn:	05.05.03
Vorbesprechung:	Montag, 28.04.03, 15h, Poolraum Sand 6/7
Ort:	Poolraum Sand 6/7
Prüfungsfach:	PI
Home page:	http://www-ab.informatik.uni-tuebingen.de/teaching/ss03/asa/welcome.html

Beschreibung:

In diesem Praktikum soll eine Pipeline zur Bearbeitung von Genexpressionsdaten erstellt werden. Hauptthemen des Seminars sind:

Wie sehen Microarray Daten aus?
Die Erstellung einer Datenbank fuer solche Daten (postgreSQL)
Anwendung bestehender Tools
Wie benutzt man Perl, um eine Pipeline zu schreiben?
Welche Clusterverfahren kommen bei der Analyse zum Einsatz?
Wie implementiert man einfache Werkzeuge zur Manipulation von Sequenzdaten?
Wie annotiert man Sequenzen?

Für die Implementierung einiger Verfahren sind Kenntnisse in Java notwendig. Kenntnisse in Perl waeren hilfreich, aber nicht notwendig, wenn Kenntnisse einer anderen Programmsprache vorliegen.

Bemerkungen: Das Praktikum ist voll belegt und hat bereits begonnen.

Literatur:
Tutorial zu postgreSQL auf postgreSQL.org
Buch "Datenbank-Anwendungen mit PostgreSQL" von E. Geschwinde und H.-J. Schönig

Materialien:
Thema: "Microarray-Studie C. elegans": microarray raw data (rawdata1.csv)
UPDATE : microarray raw data file with additional ID names (rawdata2.csv)

Liste muskel-spezifischer Gene: list_muscle_specific
Liste der negativen Kontrolle: list_control

Themen der Sessions, die bereits stattgefunden haben:

Datum	Kurzbeschreibung	Link auf Notizen zu Session
2003-05-05	PostgreSQL-Installation unter Solaris, Beschaffung von Daten zu C. elegans aus dem Internet und öffentlichen Datenbanken.	Session 1 (2003-05-05)
2003-05-12	Installation des PostgreSQL DB-Interface für Perl unter Solaris und Anpassung der PostgreSQL-Installation	Session 2 (2003-05-12)
2003-05-19	Einführung in die Theorie relationaler Datenbanken (pdf), Besprechung eines Datenbankkonzeptes zur Verwaltung aller im Kurs benötigten C. elegans Daten. Einführung in Perl. Beginn des Parsens der Datenfiles für den Eintrag in die Datenbanken.	Session 3 (2003-05-19)