Algorithmen der Bioinformatik

Proseminar: Algorithmen der Bioinformatik

Dozent	Prof. Dr. Daniel Huson und Christian Rausch
Sprechstunde	Daniel Huson: Montags 16-18h, Raum 310a, Sand 14; Chr. Rausch: Mittwochs, 17-18h und nach Vereinbarung, Raum324b, Sand 14.
Zeit	Di 9-10h s.t.
Umfang	1 SWS
Beginn	16. April 2002
Ort	A301, Sand 1 (Zugang über Haupteingang Sand 14, 2. Stock, Gang links)
Turnus	unregelmäßig
Vorbesprechung	16. April 2002, C 310a, Sand 14

Beschreibung:

Algorithmische Fragen aus den Kerngebieten der Bioinformatik. Länge der Vorträge: 30-45 min. anschliessend ca. 15 min. Diskussion, Fragen. Ausarbeitung: 8-10 Seiten.

Themen und Termine:

Datum	Thema	Vortragende(r)	Betreuer	Quelle
16.04.	Vorbesprechung
30.04.	Basic Concepts of Molecular Biology	Christine Schaller	C. Rausch	[SM97] 1, [CB00] 1
07.05.	Pairwise Sequence Alignment	Michael Hagmann	C. Rausch	[SM97] 3.1-3.3
14.05.	BLAST and FASTA	Thomas Kadanke	C. Rausch	[Web]
21.05.	frei
28.05.	Sequence Assembly	Timo Sachsenberg	D. Huson	[Mye99]
04.06.	Physical Mapping	Andreas Bertsch	C. Rausch	[SM97] 5.1-5.2
11.06.	Genome Rearrangements	Oliver Roll	D. Huson	[SM97] 7.1-7.3
18.06.	Molecular Structure Prediction	Philip Thiel	D. Huson	[SM97] 8
25.06.	Multiple Sequence Alignment	Hendrik Doil	C. Rausch	[SM97] 3.4
02.07.	Tree Reconstruction from Characters	Christian Klug	D. Huson	[SM97] 6.1-6.4
09.07.	Tree Reconstruction from Distances	Georg Zeller	D. Huson	SM97] 6.5-6.6
16.07.	Computational Gene Finding	Thomas Hoffmann	D. Huson	[Pev00] 9.1-9.7

Anmeldung:

Es ist keine weitere Anmeldung möglich, da alle Plätze belegt sind.

Literatur:

[CB00]: P. Clote and R. Backofen. Computational Molecular Biology, An Introduction. Wiley, 2000.
[Mye99]: E.W. Myers. Whole-genome dna sequencing. Computing in Science and Engineering, IEEE, May-June 1999.
[Pev00]: P. Pevzner. Computational Molecular Biology- an algorithmic approach. MIT, 2000.
[SM97]: J. Setubal and J. Meidanis. Introduction to Computational Molecular Biology. PWS, 1997.
[Web]: Web. http://www.isrec.isb-sib.ch/DEA/module5/T3/blast_fasta_uk.pdf, http://searchlauncher.bcm.tmc.edu/help/BLASToutput.html, and http://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/.

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